Belajar Protein . .

Protein merupakan slah satu makromolekul yang penting. Protein melaksanakan sebagaian besar fungsi dalam sel. Dapat berfungsi juga sebagai pertahanan. Protein mampu melakukan kontrol dan regulasi proses transkripsi, replikasi (histon). Enzim dan beberapa hormon adalah protein.

Protein tersusun dari satu atau lebih polipeptida. Peptida merupakan ikatan antara C karboksilat dengan N.

Protein merupkan rangkaian asam amino (poliasamamino). Asam amino membentuk rantai panjang sehingga mempunyai 2 ujung, yaitu ujung karboksilat (C) dan ujung amino (N). Penomoran dimulai dari ujung N.

Asam amino terbagi 3, non-polar; polar; bermuatan. Dan terdapat 3 jenis asam amino yang aromatis, yaitu Phenylalanine, Tryptophan, dan Tyrosine.

Macam – macam struktur protein :

· Primer, Bergantung urutannya

· Sekunder, Bergantung lipatannya: sheet atau helix

· Tersier, Bergantung bentuk 3 dimensinya

· Quarterner, lebih dari 1 subunit

Konformasi protein dipengaruhi oleh keadaan lingkungan, misalnya : temperatur, pH, dan kadar garam yang dapat merusak katan. Konformasi mempengaruhi bagaiman protein berfungsi. Protein dapat terdenaturasi (un folding) dan renaturasi (re folding) ke bentuk semula.

Protein chaperone diperlukan untuk folding protein yang baru saja disintesis. Diketemukan sebagai heat stock proteins (hsps)

Konformasi protein distabilkan oleh beberapa ikatan dan interaksi. Beberapa diantaranya :

· Ikatan hidrofobik

· Ikatan hydrogen

· Interaksi elektrostatik

· Ikatan Van der Waals

Struktur Protein dapat ditentukan dengan beberapa metode :

· X-Ray crystallography of protein crystals

· NMR – nuclear magnetic resonance

· Metode Komputasi (computer predictions based on amino acid sequence)

Sebelum mempelajari komposisi, struktur, dan fungsinya, perlu dilakukan pemurnian protein. Pemurnian didasarkan pada sifat protein.

Sifat Protein : Muatan protein sangat diengaruhi oleh pH; Rantai samping dari asam amino mempunyai sifat polar dan non-polar.

Tahapan secara umum :

· Memecah sel

o Sonikasi

o Tekanan tinggi

o Lisis menggunakan enzim

o Fisik

· Menghilangkan debri sel, dengan sentrifugasi

· Pengendapan

o Salting in

o Salting out

· Pemurnian

o Pengendapan bertingkat

o Gel Filtration Chromatography

o Ion Exchange Chromatography

o Reversed Phase HPLC

o Affinity Chromatography

· Analisis aktivitas, berat molekul

Yang hidup dan Yang mati !

Dari kuliah yang disampaikan oleh Prof. Dr. Mulyadi, Apt dan Dasar – Dasar Biokimia nya Lechninger

Benda hidup :

Struktur benda hidup sangat kompleks dan terorganisir sangat canggih. Struktur internalnya sangat rumit terdiri atas berbagai macam molekul kompleks.

Dapat menggali, mengubah, dan menggunakan tenaga dari sekitarnya baik itu berupa nutrien ataupun sinar matahari. Tenaga ini digunakan untuk mempertahankan struktur kompleks dan aktivitas hidupnya.

Dapat memperbanyak diri persis sama dirinya (self replication)

Tiap komponen benda hidup mempunyai fungsi yang spesifik

Benda hidup tersusun dari elemen – elemen yang ada disekitar : Tubuh manusia terdiri atas elemen : H, O, C, N, Ca, P, S, Cl, K, Fe, dll.

Benda Mati :

Benda mati terdiri campuran sederhana, misalnya pasir, tanah, batu. Air laut terdiri atas senyawa kompleks tetapi tidak terorganisir.

Tidak dapat menggunakan tenaga untuk memepertahankan strukturnya, benda mati akan rusak dan seimbang dengan sekitarnya.

Tidak mampu tumbuh dan memperbanyak diri

Benda Mati : kerak bumi terdiri atas : O, Si, Al, P, S, Fe, Ca, Na, K, Mg. Elemen kerak bumi juga penyusun tubuh manusia.